Das Dezernat II gliedert sich in vier Referate. Aufgrund der engen übergreifenden Zusammenarbeit innerhalb des Dezernats sind einige Aufgaben nicht ausschließlich einem Referat zugeordnet, sondern werden gemeinsam über organisatorische Referats- und Sachgebietsgrenzen hinweg bearbeitet. Es gibt für alle Aufgaben im Dezernat II jedoch eine definierte Hauptverantwortlichkeit.
Das Dezernat II hat enge Schnittstellen zu anderen Dezernaten, Einrichtungen und den Fachbereichen für gemeinsam zu bearbeitende Aufgaben (z.B. Zulassung national und international, Änderungen oder Neuerstellung von Ordnungen, usw.), Zulieferungen von Daten (z.B. für das Data Warehouse, Kapazitätsberechnungen, Bewerberstatistiken, usw.) oder verantwortliche Teilaufgaben innerhalb großer Aufgabenstellungen (z.B. für die Systemakkreditierung, usw.).
