Auf Basis der Ergebnisse der Institutionellen Evaluation schließen die evaluierte Einheit und das Präsidium eine Zielvereinbarung ab. Die Zielvereinbarung wird zwischen dem zuständigen Präsidiumsmitglied und der evaluierten Einheit verhandelt und unterzeichnet. Die abgeschlossenen Zielvereinbarungen werden hochschulintern veröffentlicht. Nach Unterzeichnung der Zielvereinbarung beginnen die evaluierte Einheit und das Präsidium mit der Umsetzung der Ziele.

Die Umsetzung der Zielvereinbarungen wird vom Referat Qualitätsmanagement und Gremien durch ein strukturiertes Monitoring begleitet. Nach etwa eineinhalb Jahren treffen sich das zuständige Präsidiumsmitglied und die evaluierte Einheit zu einem Monitoringgespräch und tauschen sich über den Umsetzungsstand aus. Nach etwa der Hälfte der Laufzeit der Zielvereinbarung (nach circa drei Jahren) reicht die evaluierte Einheit einen Zwischenbericht beim Präsidium ein.

Die Ergebnisse des Monitorings werden als Grundlage für eine erneute Institutionelle Evaluation genutzt.